SK그룹 지배구조의 또다른 특징은 오너 일가족의 지분율이 다른 대기업집단군에 비해 낮은 반면 계열사간 평균 내부 교차지분율이 50%로 공정거래위원회 대기업집단 계열사 평균지분율 47%(2004년 4월1일 기준)에 비해 크게 높다는 점을 들 수 있다. 이는 오너 일가족의 낮은 지분율을 보완하는 효과를 거두고 있다.SK그룹 계열사간 지분구조에서도 삼성그룹이나 현대기아차그룹 등 다른 대기업집단군에서 나타나는 현상과 마찬가지로 주력사간 순환출자를 통해 내부 지분율을 최대한 극대화시켜 전체 지배구조의 틀이 흔들리는 상황을 대비하고, M&A 등에 대처하기 위한 방어막을 구축하고 있다. 이를 위해 SK그룹은 6개 주력 계열사를 중심으로 하는 4가지 형태의 순환출자를 통해 59개 계열사를 상호 지배, 혹은 직접 지배 등의 방식으로 지배관계를 형성하고 있다. 이를 좀 더 구체적으로 보면 다음과 같다.
첫번째 지배구조는 SKC&C를 통한 지배구조이다. 최태원 회장과 일가족이 최대주주로 있는 SKC&C는 SK㈜의 지분을11.21%(2004년 12월30일 기준) 보유하고 있고, SK㈜는 다시 SK네트웍스의 지분을 47.5% 보유하고 있으며, SK네트웍스는 SK텔레콤의 지분을 2.55% 갖고 있고, SK텔레콤은 SKC&C의 최대주주(지분율 30%)로 되어 있다. SKC&C에서 출발해 SKC&C로 돌아오는 순환형태이다. 두번째는 SK㈜가 SKC의 지분 47.2%를 갖고, SKC는 다시 SK케미컬의 지분을 6.2% 가지며, SK케미컬은 다시 SK㈜의 지분 3.28%를 보유하고 있는 형태이다. 세번째 구조는 SK㈜가 SK해운의 지분 72.13%를소유하고, SK해운은 SK건설 지분 30.99%를, 이어 SK건설은 역으로 SK㈜의 지분 3.39%를 소유하는 구조를 들 수 있다. 마지막으로 SK㈜에서 SKC의 지분 47.66%를 소유하고, SKC는 SK생명의 지분 14.62%를 소유하며, SK생명은 최종적으로 SK㈜의 지분을 0.48% 보유하고 있는 구조이다.SK㈜가 소버린으로부터 M&A(기업 인수 및 합병) 공격을 받게 된 가장 큰 이유는 SK㈜가 2003년 3월 당시 SK㈜의 우호지분은 SKC&C 8.49%, SK케미컬 3,23%, SK건설 3.34%, 최태원 0.59%, SK생명 0.45%, 기타 임직원 보유분 등 17.39%에 불과했다. 이런 상황에서 SK글로벌 분식회계사건이 터지면서 SK㈜ 주가가 급락하는 바람에 소버린이 14.9%의 지분을 확보하게 됐다.
사실상 그룹 계열사의 지배회사격인 SK㈜에 대한 외부로부터의 M&A 공격을 차단하기 위한 충분한 방패막이가 없었던 것이다.그룹 전체의 지배구조도를 보아도 SK㈜는 지분공격에 대한 방어막이 취약하다고 할 수 있다. SK㈜의 오너 일가 및 개열사(자사주 포함) 지분율 합계는 2004년 12월30일 현재 22.21%로 나타났다. 2004년 4월1일 기준으로 17.62%였던 것에 비하면 크게 높아진 것이지만 SK그룹 전체 계열사의 평균 우호지분율 50%에 비하면 절반에도 미치지 못하는 수준이다. 이 같은 우호지분율은 주요 계열사인 SK텔레콤(34.6%), SKC(51.85%) 등에 비해서도 낮은 수준이다.SK㈜의 계열사 지분율이 아킬레스건으로 작용하는 이유는 이 회사가 2004년 12월30일 현재 보유하고 있는 계열사 지분이 대부분 주력사라는 점 때문이다. 실제로 SK㈜는 전체 계열사 중 SK네트웍스(50.36%), SK텔레콤(21.4%), SKC(42.27%), SK해운(72.13%), SK엔론(50%), 케이파워(65%), 오케이캐쉬백서비스(89.18%), 엔카네트워크(50%), 오일체인(31.25%), 스마틱(75%), 대한송유관공사(29.43%) 등 11개사의 지분을 보유하고 있는데, 지분을 가지고 있는 모든 계열사에서 SK㈜는 단일 최대주주로 되어 있다.
특히 SK㈜가 최대주주로 있는 출자회사들 중 SK텔레콤은 SKC&C(30%)를 비롯해 SK텔레텍(89.13%), SK캐피탈(100%) 등 핵심 계열사 13개사의 대주주로 있고, SK네트웍스는 SK생명(74.32%) 등 7개사의 대주주이며, SKC도 SK텔레시스(77.13%) 등 7개사의 대주주로 되어 있다. 또 외국 합작법인인 SK엔론 역시 청주가스(100%) 등 7개사의 최대주주여서 SK㈜의 지배권 향방에 따라 주력 계열사들이 고구마줄기처럼 흔들릴 위험성이 매우 크다. 결론적으로 보면 SK㈜의 경영권에 문제가 생긴다면 이는 전 계열사로 파급될 가능성이 충분한 것이다. 2004년 4월1일 기준으로 공정거래위원회가 조사한 <대기업집단 지분현황> 자료를 보면 SK그룹의 핵심기업인 SK㈜의 우호지분율이 17.62%(2004년 12월30일 기준으로는 22.21%로 상승)에 그치고 있고, SK케미컬도 28.68%로 비교적 낮은 수준이다. 다만, SK텔레콤과 SKC는 우호지분율이 34.6%, 51.85%로 비교적 높은 편이긴 하지만 경영권 안정을 위해서는 주요 계열사의 지분안정이 SK그룹이 당면한 최대 현안으로 지적되고 있다. (계속)